Bedingt durch die günstige Verkehrslage sowie durch das vorstadtähnliche Verhältnis zu Altdorf, entwickelte sich in Flüelen Spezialgewerbe. Schon für die erste Hälfte des 16. Jh. sind Bäcker, Schumacher, Gerber, Tischmacher, Schlosser belegt, seit 1560 die Ziegelproduktion, seit 1588 die Hafnerei. Weiter spielten die Nagler eine grosse Rolle. In der ersten Hälfte des 17. Jh. wurde eine Papiermühle betrieben, in der zweiten Jahrhunderthälfte waren hier Kunstmaler ansässig; später werden auch ein Küfer, ein Gürtler und ein Büchsenschmied genannt.
Ein Mechaniker Aschwanden stand anfangs des 19. Jahrhunderts im Begriffe, eine Maschine zur Glättung und Pressung italienischer Strohhüte einzurichten.