93 Prozent der Gesamtwaldfläche sind in Uri öffentlicher Wald (Korporationen, Kanton, Bund) und 7 Prozent Privatwald. Grösster Waldeigentümer in der Gemeinde Flüelen ist die Korporation Uri (ca. 425 ha). Das Waldgebiet wird hauptsächlich von der Korporationsbürgergemeinde Flüelen verwaltet. Die Verwaltung von Korporationswald beschränkt sich jedoch nicht nur auf das Gemeindegebiet von Flüelen. In den Kompetenzbereich des Korporationsbürgerrats von Flüelen gehört auch Wald im Gemeindegebiet von Seedorf ("Änerland") und Sisikon (Buggiwald).

Die Zuteilung des "Änerlandes" in Seedorf ist aus einem im 17. Jahrhundert erfolgten Ausgleich hervorgegangen, wobei die Waldungen zwischen Schopfibach und Schardi den Bezugsberechtigten zu Altdorf, Flüelen und Seedorf zufielen. Dies wurde im Landratsprotokoll vom 18. Juni 1794 bestätigt. Die Streitigkeiten um die Holzverteilung schienen jedoch angedauert zu haben, denn am 5. August 1821 beschloss der Landrat die Aufteilung dieses Waldgebietes wie folgt: Die Genössigen zu Seedorf erhielten die Waldungen, die nicht an Altdorf und Flüelen zugeteilt wurden, wobei Altdorf - neben den Wäldern auf der Schattenseite im Gitschental - den Sonnigen-Wald und die Flüeler den Plattenberg- und den Riesbühl-Wald erhielten. Diese Aufteilung wurde anno 1842 bestätigt und wird in den Waldwirtschaftsplänen der Gemeinden seither beachtet.

1705 ist "denen von Flüelen nach alten Rechtsamen, Siegel und Briefen" die Benutzung des Franzen- und Lauwitals (Karte) übergeben worden. Diese Wälder sind nach dem Trennungsdekret von 1943 in das Eigentum der Korporationsbürgergemeinde von Flüelen gefallen. Nach einem Landsgemeindebeschluss von 1675 gehört der Gruonwald "denen zu Altdorf, Bürglen und Flüelen". Der Gruonwald wird von den drei Korporationsgemeinden verwaltet.

Art des Waldes
Der Wald steigt in Flüelen vom Urnersee (435 MüM) bis auf über 1'900 MüM an. Klimatisch liegt der Kanton zwischen dem feuchten Meeresklima der Voralpen und den trockenen Zentralalpen. Das Klima wird massgebend beeinflusst durch den Föhn, der die tieferen Lagen aufheizt und auch völlig austrocknet. Neben den standörtlichen Gegebenheiten, der Lage und des Klimas haben auch die wechselhaften Verhältnisse des geologischen Untergrundes und des aufliegenden Bodens Einfluss auf den Waldbestand. Einen sehr bedeutenden Einfluss auf den Lebensraum des Waldes haben die überall drohenden Naturgewalten wie Lawinen, Schneedruck, Stein- und Eisschlag, Erosionen und Hochwasser. Eine bemerkenswerte Eigenart des Flüeler Waldes sind die trockenen Waldföhrenwälder auf föhnexponierten, felsigen Kuppen und Geländerücken, die in kleineren und grösseren Beständen sowohl Fichten- als auch Mischwälder ablösen. 

An Bedeutung nicht eingebüsst hat die Schutzfunktion des Waldes. Der Flüelerwald ist schon früh zum Schutz der Siedlung unter Bann gestellt worden. Der Wald ist heute auch Ort der Erholung.